Mange almindelige øjensygdomme hos mennesker ses også hos hunde og katte og undertiden andre dyr, fx. grå stær (katarakt), grøn stær (glaukom), tørre øjne (keratokonjunktivis sicca), nethindeopløsning, sår i hornhinden, tumorer, inflammationer i bindehinden eller i hornhinden, samt i dybere dele af øjet som iris og nethinden.
Ved en øjenundersøgelse foretages som regel specialfarvning af øjets hornhinde (fluoresceinfarvning) med henblik på at påvise eventuelle hornhindesår. En særskilt test, Schirmer Tear Test, til at måle tåreproduktionen, udføres ofte på patienter, som udviser symptomer fra øjets horn- eller bindehinde. Desuden tages prøver til cytologisk undersøgelse, f.eks. ved tegn på infektion. Det er også muligt at måle trykket i øjet, såkaldt tonometri. Et for højt tryk i øjet peger mod at dyret har glaukom, dvs. grøn stær, mens et for lavt tryk optræder i forbindelse med uveitis, inflammation i øjets regnbuehinde/iris.
Ydre dele af øjet kan inspiceres ved hjælp af en spaltelampe, og for at undersøge øjets indre dele anvendes forskellige instrumenter såsom oftalmoskop og gonioskop. Yderligere udredning af øjet kan ske ved hjælp af ultralyd eller elektroretinografi.
Alt efter hvad øjenundersøgelsen påviser, kan forskellige typer behandlinger komme på tale, såvel medicinsk behandling (lokalbehandling i form af øjendråber, evt tabletter eller intravenøst drop), som kirurgisk behandling. Eksempel på sygdomstilstande, som kræver øjenkirurgi er katarakt (grå stær), fejlagtigt voksende øjenhår eller dybe sår som perforerer hornhinden.